政府は８月２４日、平成２８年度第２次補正予算案を閣議決定した。うち文部科学省の予算総額は３５７４億円。２次補正の柱は、▽学校施設等の環境整備（耐震化・老朽化対策等）２０２４億円▽観光先進国の実現３７億円▽我が国の成長を担う人材育成の強化１１４億円▽２０２０年東京オリンピック・パラリンピック競技大会の開催等に向けた取り組み２０６億円▽子育ての環境整備９６億円▽奨学金制度の充実２８億円▽生産性革命を支える科学技術イノベーションの推進７６４億円▽熊本地震復興４６３億円。 　この中で学校施設等の環境整備では、私立学校施設の耐震化の早期完了を目指し、校舎等の耐震改築及び耐震補強による防災機能強化のための施設整備の推進に３０１億円を計上。同補助の公立学校等分は１４０７億円、国立大学等分は２９５億円（ほかに財政融資資金９６億円）。また子育ての環境整備では認定こども園等の施設整備、奨学金制度の充実では新所得連動返還型奨学金制度導入に向けたシステム整備２８億円、熊本地震復興では学校施設等の復旧等として私学校分１２９億円等が盛り込まれている。