４月１４日と１６日の２度の震度７の地震で、熊本県を中心に甚大な被害をもたらした「平成２８年（２０１６年）熊本地震」では私立学校にも大きな被害が生じている。文部科学省のまとめ（４月２０日、午後４時現在）によると、私立大学生３人が死亡、学生・生徒・園児・教職員６２人が負傷（軽傷２６人、けがの程度確認中３６人）、また１０８校で体育館の天井落下など校舎等に被害が生じている。そうした中でも避難所の指定がない学校を含め熊本県内の私立高校１１校、私立大学１校が地域の避難者を受け入れている。

文科省のまとめによると、私立学校に関しては１０８校が施設等に被害を受けていた。１０８校のうち９６校が熊本県の学校で、その他７校が大分県、５校が福岡県の学校だった。 　被災校を学校種別に見ると、幼稚園が３２校、中学校が６校、高校が１６校、大学が１３校、短大が４校、専修学校・各種学校が２１校、認定こども園が１６校だった。 　このうち熊本県の私立中学・高校の物的被害状況を、同県総務課のまとめ（４月１９日、午前９時現在）から見ると、熊本市内の学校では、校舎外壁の損壊等（尚絅中学・高校）、ＯＡ室のパソコンの破損等（熊本中央高校）、新校舎旧校舎共に柱に亀裂等（開新高校）、体育館の天井落下・校舎の損傷等（鎮西中学・高校）、屋内プール・校舎の破損等（九州学院高校）、歴史的建造物〈校舎〉の天井煙突が崩落等（ルーテル学院高校）などで、その他の学校でも壁破損、水道管破裂、校舎壁面崩落といった被害状況が広く見られる。また、授業に関しては４月２２日までは休校、あるいは未定という状況で、２５日以降については授業が行えるかについて、各学校で検討が続けられている。 　今回、写真を提供いただいた学校法人鎮西学園では体育館内部のつり天井のボードが多数崩落、体育館内部の柱が破壊され、昭和３５年完成の１号館の大半の柱に、せん断破壊が発生するなどした。一方、昨年度から耐震改修中の本館工事に伴う仮設プレハブ校舎の３教室を避難所として開放、学校職員と卒業生ボランティアで運営。男子寮１階食堂スペースを使い他県からの医師等６０人に寝食場所を提供している。またプールの水も生活用水用に提供した。 　熊本県内の私立幼稚園について、施設の被害状況を同県総務課のまとめ（４月１８日、午後２時現在）から見ると、ガラス破損、壁落下、２階床にヒビ・天井変形などの状況が見られるが、阿蘇地域の私立幼稚園では地割れ・園舎内不明といった厳しい状況も見られる。 　熊本県内の私立大学では、４月１４日の地震の震源近くに所在する平成音楽大学（上益城郡御船町）は、幸いにも人的被害はなかったものの施設に甚大な被害を受けて休講中。現在のところ再開のめどが立っていない。 　熊本市東区に熊本キャンパス、阿蘇郡南阿蘇村に阿蘇キャンパスを持つ東海大学は死亡３人、負傷３６人の人的被害を受けた。施設の被害も大きく、熊本は全館入館禁止、阿蘇も主要な施設が入館禁止。熊本は５月１５日まで、阿蘇は６月３０日まで休講としている。熊本市中央区に所在する九州ルーテル学院大学、熊本学園大学、尚絅大学、北区の熊本保健科学大学、西区の崇城大学には壁の剥落、ガラス破損、天井落下などの被害があり、復旧作業および専門業者による安全確認を行っている。いずれも休講中で、５月上旬再開を目指している。人的被害はなし。 　玉名市の九州看護福祉大学、八代市の中九州短期大学も同様に復旧作業と安全確認が必要で休講中、５月９日再開予定。 　大分県では別府市の別府大学、別府溝部学園短期大学、立命館アジア太平洋大学（ＡＰＵ）に壁面のヒビ、ガラス破損などの被害があった。別府溝部短大は既に講義を再開。ＡＰＵは４月２５日再開予定。別府大は施設は利用可能だが学生の不安等を考慮し休講中。 　馳浩・文部科学大臣は４月１５日と１９日の記者会見で熊本地震を取り上げて、被災地支援に全力で取り組んでいく考えなどを明らかにしている。また４月１９日の全国学力・学習状況調査については熊本県（全域）や宮崎県（一部市町村）等で救援物資の運搬が優先のため問題用紙の運搬ができないことから同日の実施を見送ることを決めている（ただし５月６日までは実施可能）。今後については、児童生徒等の心のケアが必要になってくると語っており、また文化財にも大きな被害が生じていることが分かっているが、できる限り早急に専門家派遣を行いたい考え。