文部科学省は六月三、四の二日間、同省内で、「省庁版事業仕分け」の行政事業レビューを行った。予算の支出や使途に無駄が無いかを外部の有識者を交えて自ら点検するもので、対象となった十二事業のうち六事業が「廃止」と判定された。
　国公私立大学のプログラムに補助金を支出する「産学連携による実践型人材育成事業」「先導的ＩＴスペシャリスト育成推進プログラム」「社会人の学び直しニーズ対応教育推進プログラム」はいずれも「廃止」となった。三事業の平成二十二年度予算額は計約十九億円。評価者からは「国費をつぎ込む必要はない」「費用対効果が明確でない」「成果の把握が不十分」などの意見が出た。大学等の競争的資金である「科学技術振興調整費」（二十二年度予算額二百九十六億四千三百万円）も、抜本的な見直しが求められた。全国学力・学習状況調査については、民間委託が一社応札になっており、契約の透明性・適正性などが検証された。「一般管理費が一律一〇％は積算の根拠がない」「文科省のコンピュータープログラムをフリー化しなければ事実上入札は無理」「競争を前提とした制度設計になっていない」など厳しい指摘があり、八人全員が「要改善」と判定した。今後、予定価格や一般管理費、再委託費の積算方法の見直しや、入札の競争性・透明性の確保などを検討するとともに、同調査の在り方についても見直しが求められた。
　青少年元気サポート事業（同九千万円）、生涯学習フェスティバル（同九千六百万円）も「廃止」の結論。いずれも事業の有効性が疑問視されるとして、ゼロベースで見直すこととなった。