文部科学大臣と財務大臣等による平成二十一年度政府予算案をめぐる大臣折衝が十二月十八日、財務省で開かれ、来年度の私学助成予算については、政府のいわゆる「骨太の方針二〇〇六」にそって前年度比一％減の総額四千四百五十六億三千五百万円とすることが決まった。昨年同様、財務省原案の内示（十二月二十日）前の事前決着となった。このうち私立大学等経常費補助金は前年度比三十億八千六百万円減の三千二百十七億八千二百万円に、私立高等学校等経常費助成費等補助金は前年度同額の一千三十八億五千万円となった。（近く詳報）

　平成二十一年度政府予算における私学助成予算に関しては、財政再建を目的とした政府の「骨太の方針二〇〇六」に基づく前年度比一％削減の方針に加え、政策の棚卸し等による削減・合理化でさらに前年度比二％相当額を削減し、安心できる社会保障、質の高い国民生活の構築などの重要課題に支出するとの方針が決まっていた。また自由民主党に設けられた無駄遣い撲滅プロジェクトーチムから一部の私学関係予算の廃止要求もあったが、最終的には、十八日の大臣折衝の結果、二％の追加削減などは行わず、従来からの一％削減の基本線でいくこととなった。その中にあって約三十一億円の補助金削減となる私立大学等に関しては、私立大学における教育研究活動の充実に資する経費を、(1)国際化拠点整備事業（グローバル三〇）＝予算額四十一億円、(2)大学教育充実のための戦略的大学連携プログラム（地域コンソーシアム）＝予算額六十億円、(3)大学教育・学生支援推進事業＝予算額百十億円、の中で別途措置することになった。これら事業は国公私立大学を通じた補助金で、(1)は留学生と切磋琢磨する環境の中で国際的に活躍できる高度な人材の養成を行うための環境整備事業。(2)は複数大学の連携・共同による、地域と一体となった人材養成や教育の質保証等を支援し、大学の特色化や機能別分化等を図る事業。(3)は就職活動支援等総合的な学生支援や教育力向上のための優れた取り組みを支援する事業。
　このほか大学院対象支援経費、科学研究費補助金でも私立大学への支援充実を図る。
　一方、私立学校関係の施設・設備関係補助金の大半は前年度と比べ削減されており、総額は前年度比十四億一千五百万円減の二百億三百万円。
　このうち施設の建て替え整備事業に利子助成を行う「私立学校施設高度化推進事業費補助」に関しては、法人負担率を大学等に関しては一・〇％から〇・五％に、高校等に関しては一・五％から一・〇％に引き下げを図ることにしている。