政府は九月二十九日、平成二十年度補正予算案を閣議決定し、同日、国会に提出した。
　文部科学省関係の補正予算案の総額は二千三百二十一億円、そのうち私学関係予算額は百億円。内訳は、(1)「児童を地震から守る学校づくり等防災対策」が八十億円。これは私立学校施設の耐震化事業を加速させるのが目的。高校以下（幼稚園含め）ではＩｓ値〇・三未満の施設に限り補助率を、現行の三分の一以内から二分一以内に嵩上げする。ただし私学団体が要望していた補助対象に改築事業を加えることは見送られた。大学等の補助等は二分の一以内で現行どおり。(2)「医療の安心確保」が十億円。医師不足に伴う私立大学医学部の教育環境の整備（教育装置、補助率二分の一以内）が目的。(3)「省エネ・新エネ技術の抜本的導入促進」が十億円。私立大学に対する省エネ・新エネ装置等の導入（研究装置、補助率二分の一以内）を行うもの。文部科学省私学助成課では、詳細は問い合わせてほしい、と話している。