政府は六月七日、経済財政諮問会議を開き、各地方自治体に必置義務のある教育委員会のあり方や、教育バウチャー制度など教育分野の規制改革、来年三月で終了する規制改革・民間開放推進会議の後継機関、歳出・歳入の一体改革等について検討を行った。この中で規制改革については小坂憲次・文部科学大臣から意見聴取したほか、歳出・歳入一体改革では、全国知事会など地方六団体から三位一体改革後の新たな地方分権推進策のあり方について意見を聴取した。

　教育分野の規制改革については、同会議の吉川洋・東京大学大学院経済学研究科教授ら四人の民間議員が学校活性化のため、生徒が自由に学校を選択できる仕組みにし、そのうえで生徒数に応じた予算配分を考える必要があると指摘。教育委員会制度に関しては、現状で種々の問題を抱えているとし、改革の必要性を強調。宮内義彦・規制改革・民間開放推進会議長も教育委員会の必置義務を再検討してほしいと要請した。
　中馬弘毅・規制改革担当大臣は教育委員会の必置規制の撤廃については構造改革特区での実施を強く求めた。これに対し小坂大臣は、教育委員会と首長との権限分担を大胆に弾力化するなど制度改革を進めるとしながらも、特区においても教育委員会には政治的中立が必要などの観点から必置規制撤廃に関しては慎重な検討が必要とした。教育バウチャー制度については平成十八年度中に結論を得たいと考えていると語った。
　一方、歳出・歳入一体改革に関して地方六団体は、新しい地方分権推進法の制定や国と地方の協議の場の法定化、国庫補助負担金を半分に減らす目標で改革を進めてほしいと要請した。また谷垣禎一・財務大臣は、歳出・歳入一体改革の初年度となる平成十九年度予算については厳しい概算要求基準の設定が重要との考えを示した。
　小泉純一郎総理は「地方には権限がない。財政のバランスといわれても自由にやれない。とにかく自治を確保することが大事。首長が自由に抱負を語れるようにしてあげるべきだ」など語った。