規制改革の一環として、構造改革特区に限っては株式会社等による学校の設置・運営が認められているが、文部科学省の加茂川幸夫・私学部長は七月八日、それらの学校への私学助成の是非について、七月四日に公表された第三次の特区構想募集でもその実現が再提案されていること、私学助成の実施を迫る総合規制改革会議の委員等と今後、再び激しい憲法論議等がたたかわされる見通しを明らかにした。とりわけＮＰＯ法人の私学助成要望が強いものの、私学助成の前提となる「公の支配」（私立学校法等の適用）に関しては、憲法八十九条をクリアするため、現行より基準を緩める考えのないことを強調した。ただし財団法人、社会福祉法人の設置する学校からの私学助成要望に関しては、株式会社等と同列に扱いにくい面もあるとした。これは七月八日、東京・市ヶ谷の私学会館で開かれた日本私立中学高等学校連合会（会長＝堀越克明・堀越高校長）の常任理事会で言及したもの。
　また、政府が先に閣議決定した「骨太の方針二〇〇三」では、三位一体の改革の一環として、来年度から三年間に四兆円の国庫補助負担金を廃止・縮減する方針だが、その初年度となる平成十六年度に関しては、目標を設定して廃止・縮減を進めるなど、来年度の概算要求では歳出の厳しい削減が見込まれることなどを明らかにした。
　さらに同省の大学設置・学校法人審議会学校法人分科会内の小委員会が再検討を進めている学校法人制度に関しては、校種によって例外規定への配慮が必要なこと、審議の概要がまとまったところで、私学関係者の意見を聞きたいとした。
　来年度の政府予算案に対する私学助成要望に関して日本私立中学高等学校連合会は、この日の常任理事会で政府の三位一体の改革の今後や私学助成への直接的影響などが現時点では明確ではないことから、予算要求は従来どおりの路線を継承するものの、状況の変化によっては急ぎ対応策を検討する方針を確認した。予算要望では経常費補助金などのほか、新たに「私立高等学校授業料等軽減補助事業に対する国の補助制度の創設」を文部科学省に要望していくことにした。