「国立大学等の独立行政法人化に関する調査検討会議」は三月二十六日、大学運営に「民間的発想」のマネジメント手法を導入し、自律的な運営を確保することや、「能力主義」人事を徹底し「非公務員型」にすることなどを盛り込んだ報告書をまとめた。根拠法として「国立大学法人法（仮称）」を制定し、できるだけ早期に法人に移行するとしている。
　新しい国立大学法人は各大学に法人格を付与することを原則とする。大学ごとに目標、計画を策定し、これに基づき運営。予算、組織などの規制は大幅に縮小し、大学の責任で決定する。
　大学運営では「役員会」制の導入により、透明性の高いトップマネジメントを実現。全学的観点から資源を最大限に活用した戦略的な経営を行う。また、学外有識者・専門家を役員に招聘した「学外役員制度」を導入するなど学外者の参画による運営システムを制度化。学外者も参画する「学長選考委員会」が学長を選考する。
　人事面では「非公務員型」の弾力的な人事制度が適当であるとし、外国人の学長、学部長の管理職への登用も可能となる。能力・業績に応じた給与システムを各大学の責任で導入、「能力主義」人事を徹底する。また、第三者評価の導入による事後チェック方式に移行。大学の教育研究実績を第三者機関が評価・チェックする。第三者評価の結果は大学の資源配分に確実に反映させる。