特殊法人の見直し問題に関しては、小泉内閣の「聖域なき構造改革」の目玉として取り組まれており、私学事業団も十二月までに廃止か特殊法人化か民営化か、その対応が迫られているが、私学事業団が三年前に統合した経緯、私学と国との関係におけるサポート・バット・ノーコントロールの精神を堅持し、現在の私学振興にいささかの後退もない方向で、対応していくこととされた。
　また、国立大学の独立行政法人化問題に関しては九月二十七日、「国立大学の独立行政法人化に関する調査検討会議」から中間報告が出されたが、これに対して協会では、常務理事会で▽文科省は国大法人化について説明責任がある▽文科省は高等教育全体のグランドデザインを示す必要があるなどとする意見案をまとめたことが報告された。近く日本私立大学団体連合会にはこの問題に対する特別委員会が設けられる予定であり、私大全体の意見反映に努めていくとした。