行政改革による省庁再編で一月六日、文部科学省が誕生した。
　文部省と科学技術庁が統合した文部科学省は、大臣官房、国際統括官、生涯学習政策局、初等中等教育局、高等教育局、科学技術・学術政策局、研究振興局、研究開発局、スポーツ・青少年局、文化庁からなり、このうち私立学校を所管する高等教育局は、高等教育企画課、大学課、専門教育課、医学教育課、学生課、留学生課、私学部からなる。
　私学部は、私学行政課、私学助成課、参事官からなり、これまでの学校法人調査課の業務は参事官に引き継がれた。また私学行政課には私学共済に関する業務が新たに加えられた。
　また初等中等教育局は、名称こそ文部省時代のままだが、課の構成は、初等中等教育企画課、財務課、教育課程課、児童生徒課、幼児教育課、特別支援教育課、国際教育課、教科書課、教職員課、施設助成課、参事官となり、これまでの学校種別の課構成から学校種を超えて課題別の組織へと組み替えられた。
　このうち初等中等教育企画課は、局の総合調整、初等中等教育政策、地方教育行政制度などを担当し、課内の教育制度改革室では初等中等教育の基準設定、制度の改革、中等教育学校、高校における定時制・通信制教育などを扱う。
　児童生徒課は生徒指導、進路指導、高校入試、学校図書館、就学奨励などを担当し、特別支援教育課は特別に教育的支援を必要とする児童生徒等への教育などが所管事項。
　国際教育課は国際理解教育、外国語教育の振興、海外子女教育、帰国・外国人児童生徒教育などを担当する。参事官は産業教育、情報教育が担当。
　文部科学省の庁舎に関しては、大臣官房、国際統括官、生涯学習政策局、初等中等教育局、高等教育局、文化庁は、これまで通り旧文部省庁舎で、スポーツ・青年局は、一月末まで旧国立教育会館ビルに、科学技術・学術政策局、研究振興課、研究開発局は、七月に旧郵政省庁舎に移転するまで旧科学技術庁庁舎に置かれる。